Wider erwartend funktioniert ein Update recht problemlos.

Hier der der Ablauf auf der Shell Ebene.

# Erst einmal alles auf den letzten Stand bringen.
./pear install magento-core/Mage_All_Latest-Stable

# alte caches und Sessions löschen
rm -rf var/cache/mage--*
rm -rf var/session/sess_*
rm -rf downloader/pearlib/cache/* downloader/pearlib/download/*

# Setup des aktuellen Downloaders. (wenn nicht eh schon erfolgt)
./mage mage-setup .

./mage config-set preferred_state stable
./mage install http://connect20.magentocommerce.com/community Mage_All_Latest --force

# Jetzt noch ein Sync der installierten Module

./mage sync

# Sicherheitshalber noch einmal die Caches löschen.
rm -rf var/cache/mage--*
rm -rf var/session/sess_*
rm -rf downloader/pearlib/cache/* downloader/pearlib/download/*

Nun erfolgt ein Aufruf der Page.

Dies wird wahrscheinlich öfters erfolgen müssen, da der normales Server-Timeout wohl zuschlagen wird (30 Sekunden reichen hierfür nicht aus). Es sind ja einige Änderungen an der Datenbank nötig.

Viel Glück.